Luigi Ricciardi 1 , Rosa Mazzeo 2,*©, Angelo Raffaele Marcotrigiano 1 , Guglielmo Rainaldi 3 , Paolo Iovieno 4 , Vito Zonno 1 , Stefano Pavan 1© a Concetta Lotti 2,*
- 1 Katedra vied o pôde, rastlinách a potravinárstve, jednotka genetiky a šľachtenia rastlín Univerzita v Bari, Via Amendola 165/A, 70125 Bari, Taliansko; luigi.ricciardi@uniba.it (LR);angelo.marcotrigiano@uniba.it (ARM); vito.zonno@uniba.it (VZ); stefano.pavan@uniba.it (SP)
- 2 Katedra vied o poľnohospodárstve, potravinárstve a životnom prostredí, University of Foggia, Via Napoli 25, 71122 Foggia, Taliansko
- 3 Katedra biologických vied, biotechnológií a biofarmaceutik, Univerzita v Bari, Via Orabona 4, 70125 Bari, Taliansko; guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 Oddelenie energetických technológií, divízia bioenergie, biorafinérie a zelenej chémie, Výskumné centrum ENEA Trisaia, SS 106 Ionica, km 419+500, 75026 Rotondella (MT), Taliansko; paolo.iovieno@enea.it
* Korešpondencia: rosa.mazzeo@unifg.it (RM); concetta.lotti@unifg.it (CL)
Abstrakt:
Cibuľa (Allium cepa L.) je druhou najdôležitejšou zeleninou na svete a je široko oceňovaná pre svoje zdravotné prínosy. Napriek jej významnému hospodárskemu významu a jej hodnote ako funkčnej potraviny bola cibuľa nedostatočne preskúmaná, pokiaľ ide o jej genetickú diverzitu. V tomto dokumente sme skúmali genetickú variáciu „červenej cibule Acquaviva“ (ARO), krajinnej rasy so storočnou históriou pestovania v malom meste v provincii Bari (Apúlia, južné Taliansko). Sada 11 mikrosatelitných markerov sa použila na preskúmanie genetickej variácie v zbierke zárodočnej plazmy pozostávajúcej z 13 populácií ARO a troch bežných komerčných typov. Analýzy genetickej štruktúry s parametrickými a neparametrickými metódami poukázali na to, že ARO predstavuje dobre definovaný genofond, jasne odlišný od krajových rás Tropea a Montoro, s ktorými sa často mýli. S cieľom poskytnúť opis cibúľ, ktoré sa zvyčajne používajú na čerstvú konzumáciu, sa hodnotil obsah rozpustnej sušiny a štipľavosť, ktoré vykazovali vyššiu sladkosť v ARO v porovnaní s dvoma vyššie uvedenými krajovými druhmi. Celkovo je táto štúdia užitočná pre budúcu valorizáciu ARO, ktorá by sa mohla propagovať prostredníctvom značiek kvality, čo by mohlo prispieť k obmedzeniu obchodných podvodov a k zlepšeniu príjmov drobných poľnohospodárov.
úvod
Rod Allium zahŕňa asi 750 druhov [1], medzi ktorými je jednou z najrozšírenejších cibuľa (Allium cepa L., 2n = 2x =16). A. cepa má dvojročný cyklus a krížové reprodukčné správanie. Celosvetová produkcia cibule (97.9 Mt) z nej v súčasnosti robí druhú najdôležitejšiu zeleninovú plodinu po paradajkách [2]. Od dávnych čias sa cibuľové cibuľky používali ako jedlo, ako aj v ľudovej medicíne. V skutočnosti už starí Egypťania uviedli niekoľko terapeutických receptúr založených na použití cesnaku a cibule v lekárskom papyruse z roku 1550 pred Kristom, Codex Ebers [3].
Táto všestranná a zdravá zelenina sa konzumuje surová, čerstvá alebo spracovaná a používa sa na zvýraznenie chuti mnohých jedál. Niekoľko nedávnych štúdií tvrdí, že konzumácia cibule môže znížiť riziko kardiovaskulárnych ochorení [4,5], obezity [6], cukrovky [7] a rôznych foriem rakoviny [8–10]. Zdravotné vlastnosti cibule sa často pripisujú vysokým hladinám dvoch tried nutraceutických zlúčenín: flavonoidov a alk(en)ylcysteínsulfoxidov (ACSO). Do prvej triedy patria flavonoly a antokyány. Kvercetín je hlavný detekovateľný flavonol, známy svojimi silnými antioxidačnými a protizápalovými vlastnosťami pri zachytávaní voľných radikálov a viazaní iónov prechodných kovov. [11]; zatiaľ čo antokyány dodávajú niektorým odrodám cibule červenú/fialovú farbu. Pokiaľ ide o ACSO, najrozšírenejší je izoallín [(+)-trans-S-1-propenyl-L-cysteínsulfoxid] [12], neprchavá a neproteinogénna sírová aminokyselina uložená v bunkách, ktorá je nepriamo zodpovedná za štipľavú vôňu a chuť cibule [13]. Po rozrušení tkaniva sa izoalliín štiepi enzýmom aliináza za vzniku série prchavých zlúčenín (pyruvát, amoniak, tiosulfonáty a propanethial S-oxid), ktoré spôsobujú slzenie a spôsobujú nepríjemný zápach (štipľavosť). [14]. Štipľavosť cibule sa často meria ako množstvo kyseliny pyrohroznovej na gram čerstvej hmotnosti vytvorenej hydrolýzou [1516].
V krajinách stredomorskej kotliny sa navrhuje ako jedno zo sekundárnych centier diverzity A. cepa [1718]cibuľové cibule vykazujú širokú variabilitu tvaru, veľkosti, farby, sušiny a štipľavosti [19-jedna]. Okrem toho hnojenie na báze síry, agronomické postupy, typ pôdy, klimatické podmienky a genotyp kultivarov alebo krajových rás môžu ovplyvniť kvalitu cibúľ tým, že dodajú zvláštne organoleptické a nutričné hodnoty. [23-jedna]. V Taliansku je napriek širokej dostupnosti zárodočnej plazmy cibule často predmetom vedeckých štúdií a náležite charakterizovaných iba niekoľko odrôd cibule. [2829].
Dôkladná genetická a fenotypová charakterizácia agrobiodiverzity je kľúčová na zabezpečenie vhodnej ochrany genetických zdrojov rastlín a na podporu využívania špecifických genotypov v hodnotovom reťazci. [30-jedna]. Na mapovanie sa často vyberajú markery s jednoduchým opakovaním sekvencie (SSR). [33-jedna], DNA fingerprinting a rozlišovanie kultivarov [36-jedna]a spoľahlivý odhad genetickej variability v rámci krajinských rás a medzi nimi [39-jedna], pretože sú lokusovo špecifické, multialelické, kodominantne zdedené, vysoko reprodukovateľné a vhodné na automatizovanú genotypizáciu.
V tejto štúdii sme zamerali našu pozornosť na apúlsku tradičnú krajinskú rasu, „červenú cibuľku Acquaviva“ (ARO), ktorá sa pestuje podľa metód ekologického poľnohospodárstva v malej oblasti mesta Acquaviva delle Fonti v provincii Bari. (Apúlia, južné Taliansko). Cibuľky tejto krajovej rasy sú veľké a sploštené a majú červenú farbu a vo veľkej miere sa používajú v miestnych receptúrach. Hoci ARO získalo značku kvality „Slow Food Presidium“, jeho produkcia by sa mohla ďalej propagovať a chrániť značkami kvality Európskej únie, ako sú chránené zemepisné označenie (CHZO) a chránené označenie pôvodu (POD), pretože by mohli prispieť k obmedzeniu obchodné podvody a zlepšiť príjmy drobných poľnohospodárov. Molekulové markery SSR sa tu použili ako účinné nástroje na posúdenie genetických variácií medzi populáciami ARO a na rozlíšenie tejto krajovej rasy od iných dvoch krajinových rás červenej cibule v južnom Taliansku. Ďalej sme odhadli štipľavosť a obsah rozpustnej pevnej látky, aby sme vyhodnotili chuť ARO vo vzťahu k dopytu na trhu.
výsledky
Založenie zberu zárodočnej plazmy červenej cibule Acquaviva a morfologická charakterizácia
Na založenie zbierky zárodočnej plazmy ARO boli použité semená 13 populácií krajinskej rasy ARO, ktoré darovali farmári v rámci projektu BiodiverSO Región Apúlia.
Morfologické deskriptory súvisiace s cibuľou, kožou a dužinou boli zozbierané na zárodočnej plazme ARO a na troch krajových druhoch cibule, z ktorých dva patria do krajnej rasy „Tropea červená cibuľa“ (TRO) a jeden do krajnej rasy „Montoro medená cibuľa“ (MCO) (obrázok 1). Všetky cibule ARO boli ploché a vyznačujú sa červenou vonkajšou šupkou a dužinou s rôznymi odtieňmi červenej. Naopak, dužina cibúľ TRO bola úplne červená, zatiaľ čo dužina cibúľ MCO bola slabo pigmentovaná (tabuľka S1). Biochemická analýza umožnila vyhodnotiť obsah pevných látok a štipľavosť. Ako je uvedené v tabuľke 1, priemerné hodnoty obsahu rozpustnej tuhej látky v cibuľkách v populáciách ARO boli 7.60 a pohybovali sa od 6.00 (ARO12) do 9.50° Brix (ARO11 a ARO13). Táto hodnota bola vyššia ako odhadovaná hodnota pre TRO a MCO landras (4.25 a 6.00° Brix).
Tabuľka 1. Obsah pevných látok a hodnoty štipľavosti hodnotené v populáciách „Acquaviva Red Onion“ (ARO), „Tropea Red Onion“ (TRO) a „Montoro Copper Cibuľa“ (MCO) *.
CODE | Obsah rozpustnej pevnej látky (Brix) | Štipľavosť (pmolg-1 FW) | ||
znamenať | CV y (%) | znamenať | CV y (%) | |
ARO1 | 6.25 D * | 5.65 | 5.84 ab * | 23.78 |
ARO2 | 7.25 DC | 4.87 | 6.51 | 22.98 |
ARO3 | 7.50 XNUMX XNUMX BCD | 9.42 | 5.28 ab | 22.88 |
ARO4 | 7.50 XNUMX XNUMX BCD | 0.00 | 6.97 | 3.74 |
ARO 5 | 7.50 XNUMX XNUMX BCD | 0.00 | 6.80 | 9.68 |
ARO6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51 ab | 39.18 |
ARO7 | 7.25 DC | 4.87 | 5.25 ab | 15.44 |
ARO8 | 9.00 AB | 0.00 | 7.04 | 3.49 |
ARO9 | 8.25 ABC | 4.28 | 6.84 | 0.15 |
ARO10 | 7.00 DC | 0.00 | 5.94 ab | 6.57 |
ARO11 | 9.50 | 7.44 | 5.54 ab | 16.43 |
ARO12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91 ab | 9.70 |
ARO13 | 9.50 | 7.44 | 6.63 | 24.93 |
MCO | 6.00 D | 0.00 | 4.18 ab | 2.66 |
TRO1 | 4.25 E | 8.31 | 2.80 b | 2.10 |
TRO2 | 4.25 E | 8.31 | 4.28 ab | 4.79 |
* Prostriedky s rovnakými písmenami veľkými alebo malými sa štatisticky nelíšia pri 0.01P alebo 0.05P, v tomto poradí (SNK's Test). y Koeficient variácie.
Priemerná hodnota štipľavosti ARO, stanovená podľa obsahu kyseliny pyrohroznovej, bola 6.00, v rozmedzí od 4.51 pmol g-1 FW (ARO6) na 7.04 (ARO8). Táto hodnota bola vyššia ako hodnota odhadovaná pre TRO a MCO krajové rasy (3.54 pmol g-1 FW a 4.18 pmol g-1 FW).
Polymorfizmus SSR a genetické vzťahy medzi prírastkami
V tejto štúdii 11 z 37 testovaných kombinácií primérov SSR poskytlo jednolokusové polymorfizmy, tj poskytli najviac dva amplifikačné produkty u jedného jedinca. Celkovo sa zistilo 55 alel u 320 jedincov s počtom alel na lokus v rozmedzí od 2 (ACM147 a ACM 504) do 11 (ACM132) a priemernou hodnotou 5 alel (tabuľka 2). V jednotlivých populáciách sa počet alel (Na) pohyboval od 1.94 (ACM147 a ACM504) do 5.38 (ACM132), pričom efektívny počet alel (Ne) sa pohyboval od 1.41 (ACM152) do 2.82 (ACM449). nezrovnalosti medzi hodnotami Na a Ne boli spôsobené prítomnosťou alel s nízkou frekvenciou v populáciách a prevahou len niekoľkých alel. Najvyššia pozorovaná hodnota heterozygotnosti (Ho) bola zvýraznená pre ACM138 a ACM449 (0.62), zatiaľ čo najnižšia bola spojená s ACM152 (0.25). Očakávaná heterozygotnosť (He), ktorá zodpovedá teoretickému očakávaniu v panmiktickej populácii, sa pohybovala od 0.37 (ACM504) do 0.61 (ACM132, ACM138 a ACM449). Wrightov fixačný index (Fis) zobrazoval hodnoty blízke nule (priemer 0.05) pre všetky markery, čo naznačuje podobné hodnoty medzi pozorovanými a očakávanými úrovňami heterozygotnosti, ako sa očakávalo v prípade krížených druhov. Účinnosť jednotlivých markerov SSR pri genetickom fingerprintingu bola odhadnutá pomocou indexu obsahu polymorfných informácií (PIC) s priemernou hodnotou 0.48 a pohybovala sa od 0.33 (ACM504) do 0.67 (ACM132). Ďalší index účinnosti, Shannonov informačný index (I), vykazoval strednú hodnotu 0.84 a predpokladané hodnoty sa pohybovali od 0.45 (ACM152) do 1.20 (ACM132).
Tabuľka 2. Vlastnosti polymorfizmu 11 markerov SSR používaných na odhad genetickej diverzity v populáciách ARO, TRO a MCO. Celkový počet alel (Na), rozsah veľkosti pásma a index polymorfného informačného obsahu (PIC) Pozrite si celkový súbor 320 jedincov genotypizovaných v tejto štúdii. Počet alel (Na), počet efektívnych alel (Ne), pozorovaná heterozygotnosť (Ho), očakávaná heterozygotnosť (He), fixačný index (Fis) a Shannonov informačný index (I) odkazujú na stredné hodnoty vypočítané zo 16 populácií, z ktorých každá pozostáva z 20 jednotlivcov.
Locus. | Celkom Na | Rozsah veľkostí (bp) | PIC | znamenať | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | -0.02 |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | -0.01 |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | -0.06 |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | -0.03 |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
znamenať | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Medzi populáciami vykazovali ARO3, ARO6, ARO8, ARO10, TRO1 a MCO vysokú úroveň genetickej variácie (Ho > 0.5), zatiaľ čo najnižšia diverzita bola pozorovaná v populácii ARO7 (Ho = 0.27) (doplnková tabuľka S2). Celkovo všetky pristúpenia vykazovali Fis hodnoty blízke nule (Fis stredná hodnota = 0.054), ako sa očakávalo za podmienok náhodného párenia.
Analýza molekulárnej variácie a genetickej štruktúry
Hierarchické rozdelenie genetických variácií medzi a v rámci populácií vypočítala AMOVA. Výsledky poukázali na značnú časť genetických variácií v rámci populácií (87 %). Rozdiely medzi populáciami, 13 %, boli veľmi významné (P < 0.001) (tabuľka 3). Párové hodnoty parametra Fpt, analoga Wrightovho fixačného indexu Fst, v rozmedzí od 0.002 (ARO2/ARO10) do 0.468 (ARO7/TRO2), boli významné (P < 0.05), s výnimkou deviatich párových porovnaní (doplnková tabuľka S3).
Tabuľka 3. Analýza molekulárnej variácie 320 genotypov zo 16 populácií Allium cepa L.
zdroj | df | Súčet štvorcov | Odhad rozptylu | rozptyl (%) | Fpt | P |
Medzi populáciami | 15 | 458.63 | 1.16 | 13% | ||
V rámci populácií | 304 | 2272.99 | 7.50 | 87% | 0.134 | 0.001 |
Spolu | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Skúmanie genetickej štruktúry v A. cepa zbierka genotypizovaná v tejto štúdii bola vykonaná pomocou zhlukovej analýzy založenej na modeli prímesí implementovanej v softvéri STRUCTURE. Metóda Evanno AK navrhla rozdelenie do dvoch zhlukov (K = 2) ako najinformatívnejšie pre naše dataset,s the ďalšie najvyššie peak vo firme K = 5 (doplnkové pravidlá S1). vidlička = 2, ahpopulácie were zadokigned tiežnaf dva zhluky s a rnernbertoipov koeficient (q) > 0.7. Ako shovyhrať figúra 2a, prvý klaster (s názvom S1) zahŕňal MCO a všetky populácie ARO, zatiaľ čo klaster S2 zoskupoval dve populácie TRO. Pri K = 5 poskytuje hlbší popis súboru údajov (obrázok 2b), 75 % pristúpení bolo priradených jednému z piatich klastrov. Oddelenie medzi ARO (S1) a TRO (S2) bolo potvrdené, hoci niektoré populácie ARO boli zmiešané (q < 0.7) alebo zoskupené oddelene v dvoch nových zhlukoch S3 a S4 (ARO7 a ARO12, v tomto poradí). Je zaujímavé, že komerčný typ MCO vytvoril zreteľný zhluk (S5) oddelený od apúlskej červenej cibule.
Genetické vzťahy medzi populáciami
Polymorfizmus SSR umožnil nakresliť dendrogram genetickej diverzity a výsledky fylogenetickej analýzy sú znázornené na obr. 3a. Tu bola zbierka zárodočnej plazmy rozdelená do piatich skupín silne podporovaných hodnotami bootstrapu. Populácie ARO7 a ARO12 boli okamžite oddelené od zostávajúcich populácií a vytvorili dva odlišné zhluky. Tretí klaster zahŕňal dve komerčné populácie TRO, zatiaľ čo štvrtý uzol rozdelil MCO od jedenástich populácií ARO. Genetický vzťah vyskytujúci sa medzi populáciami bol ďalej skúmaný pomocou hlavnej súradnicovej analýzy (PCoA) (obrázok 3b). Ako už bolo zdôraznené, populácie ARO boli pevne zoskupené, s výnimkou ARO12 a ARO7, ktoré sa objavili v izolovaných pozíciách na grafe PCoA. Dve populácie TRO a MCO boli rozptýlené v pravom dolnom paneli grafu.
Obrázok 3. Genetická diverzita medzi 16 A. cepa populácií charakterizovaných v tejto štúdii na základe ich profilu SSR. (a) UPGMA dendrogram genetickej vzdialenosti. Hodnoty podpory bootstrapu >50 sú uvedené nad príslušnými uzlami; (b) analýza hlavných komponentov (PCoA). Zhluk zakrúžkovaný červenou farbou sa úplne zhodoval so skupinou vytvorenou fylogenetickou analýzou a pozostával z 11 prírastkov ARO.
Diskusia
V rámci veľkého množstva agrobiodiverzity tradične pestovanej v južnom Taliansku predstavujú cibuľové krajové produkty špecializované produkty, ktoré je potrebné chrániť pred rizikom genetickej erózie a hrozbou nahradenia modernými kultivarmi. V rámci regionálneho projektu BiodiverSO, zameraného na zber, charakterizáciu, propagáciu a ochranu genetických zdrojov regiónu Apúlia silne prepojených s miestnym dedičstvom, sme založili kolekciu semien 13 populácií krajinskej rasy ARO. Uviedli sme prvé hodnotenie variácie ARO z hľadiska polymorfizmov DNA a dvoch biochemických parametrov, obsahu rozpustnej pevnej látky a kyseliny pyrohroznovej, ktoré súvisia s chuťovými vlastnosťami a sú dôležité pre prijatie čerstvých tepelne neupravených produktov. Okrem toho sa údaje o krajinovej rase ARO porovnali s údajmi zozbieranými o dvoch ďalších krajinových druhoch pigmentovanej cibule, s ktorými sa často mýlia.
Biochemické analýzy poukázali na sladkosť 13 populácií ARO súvisiacu s vysokým obsahom rozpustných pevných látok a strednou štipľavosťou podľa usmernení pre priemysel sladkej cibule. [31]. Žiarovky ARO boli sladšie ako žiarovky TRO a MCO a vykazovali mierne vyššiu štipľavosť. Sladkosť cibule je však spôsobená rovnováhou medzi obsahom cukru a štipľavosťou, preto by táto charakterizácia mohla byť užitočná na podporu výberu hodnotných genotypov, ktorý poľnohospodári zvyčajne vykonávajú iba na základe morfológie.
Potvrdilo sa, že markery SSR sú užitočným nástrojom na rozlíšenie genotypov, aj keď sa zbierajú v úzkej pestovateľskej oblasti, ako je mesto Acquaviva delle Fonti. Vybrané markery vykazovali vyšší počet alel ako markery, ktoré predtým hlásili [43] a [44], ale nižšie ako ukazovatele nahlásené [45]. Okrem toho 50 % nášho súboru markerov vykazovalo hodnoty indexu PIC vyššie ako 0.5, čo sa ukázalo ako vhodné na rozlíšenie populácií v zbierke, ako navrhuje [46]. Hodnotenie diverzity v rámci populácií odhalilo podobné hodnoty medzi Ho a He, čo malo za následok nízke Fis hodnoty. To je v súlade s povahou prechodu A. cepa, ktorý vážne trpí inbrídingovou depresiou [47]. Celková Fis hodnota vypočítaná v populáciách cibule uvažovaných v tejto štúdii (0.054) bola nižšia ako hodnota, ktorú predtým uviedli [45] (0.22) a takmer identický s tým, ktorý našiel [31] (0.08) a [48] (0.00), ktorí hodnotili genetickú diverzitu v cibuľových krajových rasách zo severozápadného Španielska a Nigeru, v uvedenom poradí. Pozoruhodné úrovne heterozygotnosti v populáciách ARO posilňujú názor, že Apúlia predstavuje centrum diverzity pre mnohé záhradnícke druhy [32, 42, 49-jedna].
AMOVA zdôraznila, že väčšina molekulárnych variácií v kolekcii genotypizovanej v tejto štúdii leží v populáciách. Avšak významná genetická diferenciácia medzi populáciami (FPT hodnoty) odhalili výskyt genetickej stratifikácie. V skutočnosti, hoci naše výsledky naznačovali prítomnosť genetickej uniformity vo väčšine populácií ARO, čím sa vytvoril dobre definovaný zhluk, populácie ARO7 a ARO12 vykazovali jasne odlišný genetický profil. Tento výsledok mohol byť spôsobený odlišným pôvodom semien, ktoré použili dvaja farmári, od ktorých boli populácie zozbierané. Navyše, na základe získaných výsledkov možno ARO krajinnú rasu považovať na genetickej úrovni za jasne odlišnú od krajovej rasy TRO a MCO. V nedávnej štúdii [29] posúdili genetickú diverzitu niekoľkých talianskych cibuľových rás vrátane „Acquaviva“, „Tropea“ a „Montoro“. Hoci autori použili markery SNP na posúdenie genetickej diverzity širšej zbierky cibule, genotypizácia nedokázala rozlíšiť „Acquaviva“ od cibule „Tropea“ a „Montoro“. Pravdepodobne je tento nesúlad spôsobený nízkou priemernou zistenou hodnotou PIC (0.292), čo naznačuje miernu všeobecnú informatívnosť analyzovaných lokusov, ako tvrdí [29]. Okrem toho, aby sa preskúmala prítomnosť subštruktúry v ich talianskom zhluku, bolo by lepšie analyzovať talianske genotypy oddelene od zvyšku zbierky. Pravdepodobne by to umožnilo vizualizovať vzor genetickej diverzity spojenej s geografickou stratifikáciou alebo znakmi v rámci empirického výberu.
Na záver, táto štúdia predstavuje komplexnú správu o cibuľovej krajinnej rase spojenej s miestnym kultúrnym dedičstvom a s ekonomickým významom pre farmárov. Naše výsledky zdôrazňujú, že až na niekoľko výnimiek sa ARO vyznačuje dobre definovaným genofondom, ktorý si zaslúži ochranu pred rizikom genetickej erózie. Preto bolo vytvorenie reprezentatívnej zbierky tohto cenného zdroja genetickej diverzity kľúčové. Napokon, genetická a fenotypová charakterizácia ARO môže byť užitočná na získanie značiek kvality z Európskej únie.
Materiály a metódy
Odber zárodočnej plazmy, rastlinný materiál a extrakcia DNA
Súbor 13 populácií krajinskej rasy ARO bol získaný v rámci projektu regiónu Apúlia (BiodiverSO: https://www.biodiversitapuglia.it/)prostredníctvom série misií uskutočnených v „Acquaviva delle Fonti“, malom apúlskom mestečku v provincii Bari v Taliansku. Miesta zberu každého prírastku boli zmapované prostredníctvom geografického informačného systému (GIS) a uvedené v tabuľke 4. Okrem toho boli do tejto štúdie zahrnuté dve populácie z TRO landrase a jedna populácia z MCO landrase a použité ako referencie. Všetok rastlinný materiál bol pestovaný v rovnakých podmienkach prostredia na experimentálnej farme „P Martucci“ Univerzity v Bari (41° 1'22.08″ N, 16°54'25.95″ E), v ochrannej klietke, aby sa zabránilo krížovému opeleniu medzi populácií a zabezpečenie vnútropopulačného opelenia pomocou múch (Lucilia caesar). 16 populácií bolo charakterizovaných znakmi súvisiacimi s veľkosťou a tvarom cibule a farbou kože a mäsa (tabuľka S1). Okrem toho sa pomocou ručného refraktometra vykonala skúška obsahu pevných látok a štipľavosť sa merala vo vzorkách cibuľovej šťavy pridaním 2,4-dinitrofenylhydrazínu (0.125 % v/v v 2N HCI) a vyhodnotením absorbancie pri 420 nm, ako uvádza [31]. Na určenie prítomnosti významných rozdielov sa uskutočnil Duncanov test s viacerými rozsahmi a test SNK.
Tabuľka 4. Zoznam populácií zozbieraných a genotypizovaných v tejto štúdii. Pre každú populáciu sa uvádza identifikačný kód, miestny názov, súradnica GPS a génová banka uchovávajúca semená.
kód | Meno | Súradnice GPS | Gene Bank y |
ARO1 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Di.SSPA |
ARO2 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Di.SSPA |
ARO3 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Di.SSPA |
ARO4 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Di.SSPA |
ARO5 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Di.SSPA |
ARO6 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Di.SSPA |
ARO7 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Di.SSPA |
ARO8 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Di.SSPA |
ARO9 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54"51.372″ N 16°49"3.504" E | Di.SSPA |
ARO10 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Di.SSPA |
ARO11 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52"49.8″ N 16°49"48.575" E | Di.SSPA |
ARO12 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Di.SSPA |
ARO13 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Di.SSPA |
TRO1 | Cipolla rossa lunga di Tropea | - | Di.SSPA |
TRO2 | Cipolla rossa tonda di Tropea | - | Di.SSPA |
MCO | Cipolla ramata di Montoro | - | Di.SSPA |
y Di.SSPA, Katedra vied o pôde, rastlinách a potravinách, Univerzita v Bari. |
Listový materiál 20 genotypov na populáciu sa odobral a skladoval pri -80 °C až do použitia. Pre druhy bohaté na polysacharidy, napr A. cepa, prvé kroky na odstránenie polysacharidu sú nevyhnutné na získanie kvalitnej DNA, preto sa počiatočné premytia v STE pufri (0.25 M sacharóza, 0.03 M Tris, 0.05 M EDTA) uskutočnili tak, ako je opísané v [52]. Celková DNA bola extrahovaná metódou CTAB [53] a nakoniec bola skontrolovaná kvalita a koncentrácia pomocou Nano Drop 2000 UV-vis spektrofotometra (ThermoScientific, Waltham, MA, USA) a elektroforézou na 0.8 % agarózovom géli.
Analýza SSR
16 kombinácií primérov EST-SSR vyvinutých spoločnosťou [54] a predtým testované v štúdiách genetickej diverzity [43] a [44] a 21 genómových SSR [45-jedna] boli skrínované, aby sa vyhodnotila ich vhodnosť (doplnková tabuľka S4). Genotypizácia sa uskutočňovala pomocou ekonomickej metódy fluorescenčného značkovania, pri ktorej sa chvost M13 pridal ku každému priamemu priméru SSR [56]. PCR zmesi boli pripravené v 20 gL reakcii obsahujúcej: 50 ng celkovej DNA, 0.2 mM dNTP zmesi, 1X PCR reakčný pufor, 0.8 U DreamTaq DNA polymerázy (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA), 0.16 gM reverzného primeru 0.032 gM dopredného priméru rozšíreného o sekvenciu M13 (5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-3') a 0.08 gM univerzálneho priméru M13 označeného fluorescenčnými farbivami FAM alebo NED (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA). Reakcie PCR sa uskutočnili v termocykléri SimpliAmp (Applied Biosystems, CA, USA) s nasledujúcimi podmienkami pre väčšinu párov primérov: 94 °C počas 5 minút, 40 cyklov pri 94 °C počas 30 s, 58 °C počas 45 s a 72 °C počas 45 s a konečné predĺženie pri 72 °C počas 5 minút. Pokiaľ ide o ACM446 a ACM449, aplikoval sa touchdown PCR s žíhaním 60 ° C až 55 ° C počas 10 cyklov, 30 cyklov pri 55 ° C, po čom nasledovalo konečné predĺženie 5 minút pri 72 ° C. Produkty PCR boli nanesené na 96-jamkovú doštičku a zmiešané so 14 ug Hi-Di formamidu (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) a 0.5 gl štandardu veľkosti GeneScan 500 ROX (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Amplikóny boli rozlíšené pomocou ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) kapilárneho sekvenačného zariadenia, kde boli alely hodnotené ako kodominantné a priradené pomocou GeneMapper Software Version 3.7.
Softvér GenAlex 6.5 [57] a Cervus 3.0.7 [58] boli použité na odhad počtu alel (Na), počtu efektívnych alel (Ne), pozorovanej heterozygotnosti (Ho), očakávanej heterozygotnosti (He), polymorfného informačného obsahu (PIC), Shannonovho informačného indexu (I) a fixačného indexu (Fis ) pre každý lokus SSR.
Hodnotenie genetickej diverzity
Hierarchické rozdelenie genetických variácií medzi populáciami cibule a v rámci nich bolo hodnotené pomocou GenAlex 6.5 [57] prostredníctvom analýzy molekulárnej variácie (AMOVA) s 999 bootstrappingom na testovanie významnosti. Okrem toho sa na odhad diverzity v každej populácii použil softvér GenAlex 6.5 výpočtom priemeru Ho, He a Fis vo všetkých lokusoch SSR.
Štruktúra populácie bola odvodená pomocou klastrovacieho algoritmu založeného na Bayesovom modeli implementovaného v softvéri STRUCTURE v.2.3.4 [59]. Súbor údajov sa uskutočnil s množstvom hypotetických zhlukov (K), v rozsahu od 1 do 10, pričom sa na každú hodnotu K stanovilo desať nezávislých cyklov. Pre každý cyklus s cieľom overiť konzistentnosť výsledkov sa uskutočnilo 100,000 100,000 počiatočných období horenia a XNUMX XNUMX iterácií Markov Chain Monte Carlo (MCMC) podľa modelu prímesí a nezávislých frekvencií alel medzi populáciami. Najpravdepodobnejšia hodnota K bola stanovená pomocou metódy AK, opísanej v [60], vo webovom programe STRUCTURE HARVESTER [61]. Jednotlivá populácia bola priradená do špecifického klastra, keď jej koeficient členstva (q-hodnota) bol vyšší ako 0.7, inak sa považoval za zmiešaného pôvodu.
Uskutočnila sa hlavná súradnicová analýza, aby sa vizualizovali vzory genetického vzťahu medzi prírastkami odhalenými maticou genetickej vzdialenosti Nei (doplnková tabuľka S5). Na základe frekvencií alel bol skonštruovaný dendrogram genetickej vzdialenosti implementáciou metódy skupiny nevážených párov s aritmetickými priemermi (UPGMA) zhlukovou analýzou v softvéri POPTREEW [62]. Bootstrapping sa použil na posúdenie dôvery v hierarchické zhlukovanie, pričom sa nastavilo 100 prevzorkovanie súboru údajov. Nakoniec softvér MEGA X [63] bol použitý ako softvér na kreslenie stromov.
Doplnkové materiály: Nasledujúce sú k dispozícii online na adrese http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. Tabuľka S1: Morfologická charakterizácia žiaroviek ARO, MCO a TRO. Tabuľka S2: Heterozygotnosť a indexy fixácie vypočítané pre krajové rasy ARO a krajové rasy TRO a MCO. Tabuľka S3: Párové hodnoty parametra Fpt. Tabuľka S4: Zoznam SSR použitých v štúdii. Tabuľka S5. Párová populačná matica Nei genetickej vzdialenosti. Obrázok S1: Čiarový graf hodnôt K meniacich sa podľa Evannovho delta K.
Príspevky od autorov: CL a LR navrhli štúdiu a navrhli experiment; CL a PI vykonali analýzu molekulárnych markerov; ARM a VZ vykonali terénne skúšky; RM, SP, GR a CL boli zapojené do analýzy údajov; Rukopis napísali RM a CL. Všetci autori si prečítali publikovanú verziu rukopisu a súhlasili s ňou.
financovania: Táto práca bola financovaná z regionálneho apúlskeho projektu „Biodiverzita apúlskych druhov zeleniny“ – Programma di Sviluppo Rurale per la Puglia 2014-2020. Misura 10 – Sottomisura 10.2; grant CUP H92C15000270002, Taliansko.
Poďakovanie: Poďakovanie patrí „Azienda Agricola Iannone Anna“ a „Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquaviva“ za poskytnutie rastlinných materiálov použitých v experimente.
Konflikt záujmov: Autori neuvádzajú žiadny konflikt záujmov.
Referencie
- 1. Stearn, WT Koľko druhov Allium je známych? Kew Mag. 1992, 9,180-182. [CrossRef]
- 2. FAOSTAT. Štatistická databáza FAO. Dostupné online: http://www.fao.org/2017 (prístup 8. januára 2019).
- 3. Blok, E. Chémia cesnaku a cibule. Sci. Am. 1985, 252,114-119. [CrossRef]
- 4. Lee, B.; Jung, JH; Kim, HS Hodnotenie antioxidačnej aktivity červenej cibule u potkanov. Food Chem. Toxicol. 2012, 50, 3912-3919. [CrossRef]
- 5. Lee, SM; Moon, J.; Chung, JH; Cha, YJ; Shin, MJ Účinok extraktov z cibuľových šupiek bohatých na kvercetín na arteriálnu trombózu u potkanov. Food Chem. Toxicol. 2013, 57, 99-105. [CrossRef] [PubMed]
- 6. Yoshinari, O.; Shiojima, Y.; Igarashi, K. Účinky cibuľového extraktu proti obezite u diabetických tučných potkanov zucker. Živiny 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Akash, MSH; Rehman, K.; Chen, S. Korenie Allium cepa: Doplnok stravy na liečbu diabetes mellitus 2. typu. Výživa 2014, 30,1128-1137. [CrossRef] [PubMed]
- 8. Wang, Y.; Tian, WX; Ma, XF Inhibičné účinky cibule (Allium cepa L.) extrakt na proliferáciu rakovinových buniek a adipocytov prostredníctvom inhibície syntázy mastných kyselín. Ázijský Pac. J. Cancer Prev. 2012,13, 5573-5579. [CrossRef] [PubMed]
- 9. Lai, WW; Hsu, SC; Chueh, FS; Chen, YY; Yang, JS; Lin, JP; Lien, JC; Tsai, CH; Chung, JG Quercetin inhibuje migráciu a inváziu SAS ľudských rakovinových buniek ústnej dutiny prostredníctvom inhibície signálnych dráh NF-kappaB a matricovej metaloproteinázy-2/-9. Anticancer Res. 2013, 33,1941-1950. [PubMed]
- 10. Nicastro, HL; Ross, SA; Milner, JA Cesnak a cibuľa: Ich preventívne vlastnosti proti rakovine. Rakovina Predch. Res. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. Forte, L.; Torricelli, P.; Boanini, E.; Gazzano, M.; Rubini, K.; Fini, M.; Bigi, A. Antioxidačné a kostné reparačné vlastnosti hydroxyapatitu funkcionalizovaného kvercetínom: Štúdia kokultivácie osteoblastov, osteoklastov a endotelových buniek in vitro. Acta Biomater. 2016, 32, 298-308. [CrossRef]
- 12. Yamazaki, Y.; Iwasaki, K.; Mikami, M.; Yagihashi, A. Distribúcia jedenástich chuťových prekurzorov, derivátov S-Alk(en)yl-L-cysteínu, v siedmich zeleninách Allium. Food Sci. Technol. Res. 2011, 17, 55-62. [CrossRef]
- 13. Block, E. Organosírová chémia rodu Allium – dôsledky pre organickú chémiu síry. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1992, 31,1135-1178. [CrossRef]
- 14. Griffiths, G.; Trueman, L.; Crowther, T.; Thomas, B.; Smith, B. Cibuľa-Globálny prínos pre zdravie. Phytother. Res. 2002,16, 603-615. [CrossRef]
- 15. Schwimmer, S.; Weston, WJ Enzymatický vývoj kyseliny pyrohroznovej v cibuli ako miera štipľavosti. J. Agric. Food Chem. 1961, 9, 301-304. [CrossRef]
- 16. Ketter, CAT; Randle, WM Hodnotenie štipľavosti v cibuli. In Testované štúdie pre laboratórnu výučbu; Karcher, SJ, Ed.; Association for Biology Laboratory Education (ABLE): New York, NY, USA, 1998; Zväzok 19, s. 177-196.
- 17. Hanelt, P Taxonómia, evolúcia a história. In Cibuľa a spojenecké plodiny, zv. I. Botanika, fyziológia a genetika; Rabinowitch, HD, Brewster, JL, Eds.; CRC Press: Boca Raton, FL, USA, 1990; s. 1-26.
- 18. Rabinowitch, HD; Currah, L. Allium Crop Science: Nedávne pokroky; Vydavateľstvo CABI: Wallingford, Spojené kráľovstvo, 2002.
- 19. Mallor, C.; Carravedo, M.; Estopanan, G.; Mallor, F. Charakterizácia genetických zdrojov cibule (Allium cepa L.) zo španielskeho sekundárneho centra diverzity. Span. J. Agric. Res. 2011, 9,144-155. [CrossRef]
- 20. Ferioli, F.; D'Antuono, LF Hodnotenie fenolických látok a cysteínsulfoxidov v lokálnej zárodočnej plazme cibule a šalotky z Talianska a Ukrajiny. Genet. Resour. Crop Evol. 2016, 63, 601-614. [CrossRef]
- 21. Petropoulos, SA; Fernandes, A.; Barros, L.; Ferreira, ICFR; Ntatsi, G. Morfologický, nutričný a chemický opis 'vatikiotiko', cibuľovej miestnej krajinnej rasy z Grécka. Food Chem. 2015,182,156-163. [CrossRef]
- 22. Liguori, L.; Adiletta, G.; Nazzaro, F.; Fratianni, F.; Di Matteo, M.; Albanese, D. Biochemické, antioxidačné vlastnosti a antimikrobiálna aktivita rôznych odrôd cibule v oblasti Stredozemného mora. J. Food Meas. Charakter. 2019,13,1232-1241. [CrossRef]
- 23. Yoo, KS; Pike, L.; Crosby, K.; Jones, R.; Leskovar, D. Rozdiely v štipľavosti cibule v dôsledku kultivarov, rastového prostredia a veľkosti cibule. Sci. Hortic. 2006,110,144-149. [CrossRef]
- 24. Beesk, N.; Perner, H.; Schwarz, D.; George, E.; Kroh, LW; Rohn, S. Distribúcia kvercetínu-3, 4'-O-diglukozidu, kvercetínu-4'-O-monoglukozidu a kvercetínu v rôznych častiach cibule (Allium cepa L.) ovplyvnená genotypom. Food Chem. 2010,122, 566-571. [CrossRef]
- 25. Caruso, G.; Conti, S.; Villari, G.; Borrelli, C.; Melchionna, G.; Minutolo, M.; Russo, G.; Amalfitano, C. Účinky času presádzania a hustoty rastlín na výnos, kvalitu a obsah antioxidantov cibule (Allium cepa L.) v južnom Taliansku. Sci. Hortic. 2014,166,111-120. [CrossRef]
- 26. Perez-Gregorio, MR; Regueiro, J.; Simal-Gandara, J.; Rodrigues, AS; Almeida, DPF Zvyšovanie pridanej hodnoty cibule ako zdroja antioxidačných flavonoidov: Kritický prehľad. Krit. Rev. Food Sci. Nutr. 2014, 54,1050-1062. [CrossRef] [PubMed]
- 27. Pohnl, T.; Schweiggert, RM; Carle, R. Vplyv spôsobu pestovania a výberu kultivaru na rozpustné sacharidy a štipľavé princípy v cibuli (Allium cepa L.). J. Agric. Food Chem. 2018, 66,12827-12835. [CrossRef] [PubMed]
- 28. Tedesco, I.; Carbone, V.; Spagnuolo, C.; Minasi, P.; Russo, GL Identifikácia a kvantifikácia flavonoidov z dvoch juhotalianskych kultivarov Allium cepa L., Tropea (červená cibuľa) a Montoro (medená cibuľa) a ich schopnosť chrániť ľudské erytrocyty pred oxidačným stresom. J. Agric. Food Chem. 2015, 63, 5229-5238. [CrossRef]
- 29. Villano, C.; Esposito, S.; Carucci, F.; Frusciante, L.; Carputo, D.; Aversano, R. Vysokovýkonné genotypovanie v cibuli odhaľuje štruktúru genetickej diverzity a informatívne SNP užitočné pre molekulárne šľachtenie. Mol. Plemeno. 2019, 39, 5. [CrossRef]
- 30. Mercati, F.; Longo, C.; Poma, D.; Araniti, F.; Lupini, A.; Mammano, MM; Fiore, MC; Abenavoli, MR; Sunseri, F Genetická variácia talianskych paradajok s dlhou trvanlivosťou (Solanum lycopersicum L.) zber pomocou SSR a morfologických znakov ovocia. Genet. Resour. Crop Evol. 2014, 62, 721-732. [CrossRef]
- 31. Gonzalez-Perez, S.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Merino, F.; Taboada, A.; Rivera, A.; Pomar, F.; Perovič, D.; Silvar, C. Skúmanie genetickej diverzity a kvalitatívnych znakov v zbierke cibule (Allium cepa L.) landras zo severozápadného Španielska. genetika 2015, 47, 885-900. [CrossRef]
- 32. Lotti, C.; Iovieno, P.; Centomani, I.; Marcotrigiano, AR; Fanelli, V.; Mimiola, G.; Summo, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Genetická, bio-agronomická a nutričná charakteristika kelu (Brassica oleracea L. var. acephala) rozmanitosť v Apúlii v južnom Taliansku. rozmanitosť 2018,10, 25. [CrossRef]
- 33. Bardaro, N.; Marcotrigiano, AR; Bracuto, V.; Mazzeo, R.; Ricciardi, F.; Lotti, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Genetická analýza rezistencie voči Orobanche crenata (Forsk.) v hrachu (Pisum sativum L.) línia s nízkym obsahom strigolaktónu. J. Plant Pathol. 2016, 98, 671-675.
- 34. Wako, T.; Tsukazaki, H.; Yaguchi, S.; Yamashita, K.; Ito, S.; Shigyo, M. Mapovanie kvantitatívnych lokusov znakov pre čas zhlukovania cibule (Allium fistulosum L.). Euphytica 2016, 209, 537-546. [CrossRef]
- 35. Dhaka, N.; Mukhopadhyay, A.; Paritosh, K.; Gupta, V.; Pental, D.; Pradhan, AK Identifikácia génových SSR a konštrukcia mapy väzieb na báze SSR v Brassica juncea. Euphytica 2017, 213, 15. [CrossRef]
- 36. Anandhan, S.; Mote, SR; Gopal, J. Hodnotenie odrodovej identity cibule pomocou SSR markerov. Seed Sci. Technol. 2014, 42, 279-285. [CrossRef]
- 37. Mitrová, K.; Svoboda, P.; Ovesna, J. Výber a validácia sady markerov na diferenciáciu kultivarov cibule z Českej republiky. Čech J. Genet. Plemeno rastlín. 2015, 51, 62-67. [CrossRef]
- 38. Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Montemurro, C. Zachovanie a charakterizácia biodiverzity zárodočnej plazmy apúlskych olív. Acta Hortic. 2018,1199,1-6. [CrossRef]
- 39. Mallor, C.; Arnedo-Andres, A.; Garces-Claver, A. Hodnotenie genetickej diverzity španielčiny Allium cepa landrasy na šľachtenie cibule pomocou mikrosatelitných markerov. Sci. Hortic. 2014,170,24-31. [CrossRef]
- 40. Rivera, A.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Garcia-Ulloa, A.; Pomar, F.; Silvar, C. Hodnotenie genetickej diverzity v cibuli (Allium cepa L.) landras zo severozápadného Španielska a porovnanie s európskou variabilitou. NZJ Crop Hortic. 2016, 44,103-120. [CrossRef]
- 41. De Giovanni, C.; Pavan, S.; Taranto, F.; Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Marcotrigiano, AR; Mangini, G.; Montemurro, C.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Genetická variácia globálnej zbierky zárodočnej plazmy cíceru (Cicer arietinum L.) vrátane talianskych pristúpení ohrozených genetickou eróziou. Physiol. Mol. Biol. Rastliny 2017, 23,197-205. [CrossRef]
- 42. Mazzeo, R.; Morgese, A.; Sonnante, G.; Zuluaga, DL; Pavan, S.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Genetická diverzita v brokolici rabe (Brassica rapa L. subsp. sylvestris (L.) Janch.) z južného Talianska. Sci. Hortic. 2019, 253,140-146. [CrossRef]
- 43. Jakse, M.; Martin, W.; McCallum, J.; Havey, M. Jednonukleotidové polymorfizmy, indely a jednoduché sekvenčné opakovania na identifikáciu kultivaru cibule. J. Am. Soc. Hortic. Sci. 2005,130, 912-917. [CrossRef]
- 44. McCallum, J.; Thomson, S.; Pither-Joyce, M.; Kenel, F. Analýza genetickej diverzity a vývoj jednonukleotidových markerov polymorfizmu v kultivovanej cibuľovej cibuľke na základe exprimovaných sekvenčných tag-jednoduchých sekvenčných opakovaných markerov. J. Am. Soc. Hortic. Sci. 2008,133, 810-818. [CrossRef]
- 45. Baldwin, S.; Pither-Joyce, M.; Wright, K.; Chen, L.; McCallum, J. Vývoj robustných genómových jednoduchých sekvenčných opakovaných markerov na odhad genetickej diverzity v rámci cibule a medzi cibuľou (Allium cepa L.) populácie. Mol. Plemeno. 2012, 30,1401-1411. [CrossRef]
- 46. DeWoody, JA; Honeycutt, RL; Mikrosatelitné značkovače Skow, LC v bielochvostých jeleňoch. J. Hered. 1995, 86, 317-319. [CrossRef] [PubMed]
- 47. Chodadadi, M.; Hassanpanah, D. Iránska cibuľa (Allium cepa L.) kultivary reakcie na depresiu príbuzenského kríženia. World Appl. Sci. J. 2010,11, 426-428.
- 48. Abdou, R.; Bakasso, Y.; Saadou, M.; Baudoin, JP; Hardy, OJ Genetická diverzita nigerskej cibule (Allium cepa L.) hodnotené jednoduchými markermi opakovania sekvencie (SSR). Acta Hortic. 2016,1143, 77-90. [CrossRef]
- 49. Pavan, S.; Lotti, C.; Marcotrigiano, AR; Mazzeo, R.; Bardaro, N.; Bracuto, V.; Ricciardi, F.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Schiavulli, A.; a kol. Odlišný genetický klaster v kultivovanom cíceri, ako sa ukázalo pri objavovaní markerov v celom genóme a genotypizácii. Genóm rastlín 2017, 2017,10. [CrossRef]
- 50. Pavan, S.; Marcotrigiano, AR; Ciani, E.; Mazzeo, R.; Zonno, V.; Ruggieri, V.; Lotti, C.; Ricciardi, L. Genotypizácia sekvenovaním melónu (Cucumis melo L.) odber zárodočnej plazmy zo sekundárneho centra diverzity zvýrazňuje vzory genetických variácií a genómové znaky rôznych genofondov. BMC Genom. 2017, 18, 59. [CrossRef]
- 51. Di Rienzo, V.; Sion, S.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Montemurro, C.; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Boucheffa, S.; Tamendjari, A.; Pasqualone, A.; a kol. Genetický tok medzi populáciou olív v oblasti Stredozemného mora. Peer J. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. Pastier, LD; McLay, TG Dva mikroprotokoly na izoláciu DNA z rastlinného tkaniva bohatého na polysacharidy. J. Plant Res. 2011,124, 311-314. [CrossRef]
- 53. Doyle, JJ; Doyle, JL Izolácia rastlinnej DNA z čerstvého tkaniva. Sústrediť 1990,12,13-14.
- 54. Kuhl, JC; Cheung, F.; Qiaoping, Y.; Martin, W.; Zewdie, Y.; McCallum, J.; Catanach, A.; Rutherford, P.; Drez, KC; Jenderek, M.; a kol. Jedinečný súbor 11,008 XNUMX sekvenčných značiek exprimovaných cibuľou odhaľuje exprimovanú sekvenciu a genómové rozdiely medzi radmi jednoklíčnolistových asparagales a poales. Rastlinná bunka 2004,16, 114-125. [CrossRef]
- 55. Kim, HJ; Lee, HR; Hyun, JY; Pieseň, KH; Kim, KH; Kim, JE; Hur, CG; Harn, CH Vývoj markerov pre testovanie genetickej čistoty cibule pomocou nástroja SSR Finder. Kórejský J. Breed. Sci. 2012, 44, 421-432. [CrossRef]
- 56. Schuelke, M. Ekonomická metóda na fluorescenčné značenie fragmentov PCR. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 233-234. [CrossRef] [PubMed]
- 57. Peakall, R.; Smouse, PE GenAlEx 6.5: Genetická analýza v Exceli. Populačný genetický softvér pre výučbu a výskum: Aktualizácia. bioinformatika 2012, 28, 2537-2539. [CrossRef] [PubMed]
- 58. Kalinowski, ST; Kužeľ, ML; Marshall, TC Revidovanie spôsobu, akým počítačový program CERVUS prispôsobuje chybu genotypovania, zvyšuje úspešnosť pri prideľovaní otcovstva. Mol. Ecol. 2007,16,1099-1106. [CrossRef]
- 59. Pritchard, JK; Stephens, M.; Rosenberg, NA; Donnelly, P. Mapovanie asociácií v štruktúrovaných populáciách. Am. J. Hum. Genet. 2000, 67, 170-181. [CrossRef]
- 60. Evanno, G.; Regnaut, S.; Goudet, J. Zisťovanie počtu zhlukov jedincov pomocou softvéru ŠTRUKTÚRA: Simulačná štúdia. Mol. Ecol. 2005,14, 2611-2620. [CrossRef]
- 61. Earl, D.; VonHoldt, B. STRUCTURE HARVESTER: Webová stránka a program na vizualizáciu výstupu ŠTRUKTÚRY a implementáciu metódy Evanno. Conserv. Genet. Resour. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Takezaki, N.; Nei, M.; Tamura, K. POPTREEW: Webová verzia POPTREE na konštrukciu populačných stromov z údajov o frekvencii alel a výpočet niektorých ďalších veličín. Mol. Biol. Evol. 2014, 31, 1622-1624. [CrossRef]
- 63. Kumar, S.; Stecher, G.; Li, M.; Knyaz, C.; Tamura, K. MEGA X. Analýza molekulárnej evolučnej genetiky naprieč počítačovými platformami. Mol. Biol. Evol. 2018, 35,1547-1549. [CrossRef]